L’histoire de la commune est très ancienne puisque que la présence de l’homme y est attestée dès la préhistoire de par la découverte d’outils dans les grottes du Salève.Â
L’actuel territoire de Cruseilles connut par la suite les différentes invasions qui sévirent dans toutes les Alpes :
 Quelques traces de la présence successive de ces différents peuples ont été retrouvées dans la commune : des sites religieux élevés par les Allobroges, des pièces de monnaies romaines, des tombes burgondes recelant des ceinturons et des bijoux, ainsi que des noms de lieux, tels que « les Goths » qui rappelle la présence de ce peuple près de l’actuel pont de la Caille.
 L’histoire de la Seigneurie de Cruseilles est intiment liée à l’histoire du comté de Genève. Les premières franchises de Cruseilles sont signées le 7 mai 1282 par Gui, évêque de Langres, Seigneur de Cruseilles, par Robert, évêque de Genève, et par Amédée, Comte de Savoie. Elles ont pour principe « tout homme qui vient, qui est ou qui demeure dans la ville de Cruseilles et qui y a fait une libre résidence, est franc. En conséquence, il peut donner et vendre à qui bon lui semble tout ce qu’il a acquis et pourra acquérir ».
 En 1801, Cruseilles est attaché au canton de Saint Julien. Par le traité de Turin signé le 24 mars 1860, la Savoie est cédée à la France. La population est appelée aux urnes, les Cruseilliens plébiscitent leur «rattachement» à la France (465 inscrits, votants 455, 1 bulletin non et 454 bulletins oui). Le 20 décembre 1860 le canton de Cruseilles est formé.
 De cette période à nos jours, Cruseilles, bourg agricole attaché à ses traditions, voit sa population évoluer. Les paysans du centre du village disparaissent peu à peu et laissent place à une population dont les activités se diversifient.
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 Au Moyen Age …
Au Moyen Age, la commune de Cruseilles comprenait tout le territoire compris entre l’arête méridionale du Salève, la rivière des Usses et le petit ruisseau de Saint-Martin. La rente féodale était due et payée par tous les villages qui se trouvaient entre ces deux cours d’eau. Ce vaste domaine était la propriété des comtes de Genève qui avaient à leur disposition, au milieu du bourg, un château féodal et plus tard au sommet de la colline du Corbet un château fort qu’ils firent édifier en face du défilé pour défendre ce passage important contre les incursions ennemies.
 Cruseilles, d’où vient son nom ?
Selon nos archives, nous connaissons deux versions :Â Â
 Pendant longtemps, presque jusqu’à la Révolution Française, on écrivit CRUSILLIE. Cette explication cependant ne semble pas répondre au patois. Il est vrai qu’à l’époque, des transpositions de consonnes étaient effectuées régulièrement. Notre population rurale a du de bonne heure prononcer COURZELLES au lieu de CROUZELLES plus dur et moins élégant.
 De nos jours, la population a le choix entre CRUSEILLES et CORZLIE en patois.
 Ainsi laissons planer l’origine de ce nom, sur cette croisée des chemins, pour que l’ombre du mystère subsiste sur cette belle histoire.
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 Elles sont de gueule à une coquille d’or en abyme, couleur jaune sur fond rouge, le tout orné de cinq étoiles. Elles portent en exergue une devise “Semper Prospera” – “Toujours Prospère”. Selon certaines sources, la Coquille Saint Jacques représente l’emblème des pèlerins de St Jacques de Compostelle, les cinq étoiles sont le symbole de la croisée des cinq routes qui relient : la Savoie via Annecy, la France via Frangy, la Suisse via Genève, le Chablais via Annemasse direction Vovray en Bornes, le Faucigny via la Roche sur Foron.
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